如果根據成本法計算的農產品進項稅額比發票上的稅額多，單位應根據下列步驟處理： 第一步，檢查發票是否存在問題。確定發票是否填寫正確或是否真實有效，并保存所有發票的復印件； 第二步，核查費用和科目是否正確。檢查科目是否符合公司財會政策，且確定費用是否與發票及成本法有關； 第三步，審核的過程中，根據發票的有效性和金額，調整公司會計賬本中的進項稅額； 第四步，最后完成后，要比對發票的進項稅額和成本法計算出來的稅額，如果相差甚大，應提出財務部門的解釋 。 以上就是關于核定扣除農產品進項稅額比發票上稅額多的處理方法。另外，為了更好地控制財務風險，單位還應加強管理，提高財務管理水平，完善財務內部稽核體系，確保有效的財務管理。