員工在子公司交社保的情況下，總公司可以發工資，但需要確保兩家公司有相關的協議。比如由總公司授權子公司代為完成薪資發放工作，并提交相應的稅務費用。關于賬目處理，總公司完成發薪工作后，應及時將子公司收到的賬目歸到自己憑證中，子公司也應及時將發薪賬款轉入總公司的賬戶，并及時將本期的個稅扣繳給國家稅務機關。 以上是完成賬目處理和相應稅務繳付的正確流程，其中可拓展的知識點有：薪資工資總額國家及地方限額；有關勞動榮譽金發放、社會保險繳納等等。另外，還需要熟悉有關稅務所得稅法規。