總分公司獨立核算是指其他企業成員不能混合與總公司的財務報表，而必須將總公司作為一個獨立企業進行核算。具體條文可以在民法通則第178條規定，該條規定總分公司可以依法獨立核算：“各分公司和其他組織在進行財務會計核算時，可以根據總公司要求，按公司法第七十三條第三款規定單獨核算。” 同時，中國會計準則也規定，總公司必須獨立核算，具體可以參照《中國會計準則（修正版）第六版》第六章第二節的規定："總公司的財務報表應該按照獨立核算原則和適用的會計準則編制，其中，按照現金流量表的規定，披露關聯企業的情況“。 總的來說，總分公司獨立核算，是指把各企業成員的財務報表與總公司的財務報表隔離開來，按公司法及中國會計準則的規定，單獨對總公司做賬。另外，該獨立核算也有助于減少按聯營企業比例計提分支機構應繳稅收和保證總分公司財務報表的誤差，從而更好地實現企業的財務報告整體性。