垃圾清運費開票稅率一般是3%。首先要明確的是，針對垃圾清運費的開票，屬于應稅勞務業務，因此應稅收入的稅率是3%。在稅負的計算中，稅收的發生額應包括稅，實際發生的稅負是采用3%的稅率依法計算的。在實務處理中，如果垃圾清運費開具增值稅專用發票，那么稅負應按照3%的稅率確認。 拓展知識：根據《中華人民共和國稅收征收管理法》的規定，單位及個人的收入應當按照法定的稅率依法繳納稅款。在營業稅、增值稅和消費稅的征管范圍內，納稅人應當按照相關的稅率繳納所適用的稅款。