處理已付款但沒有發票的負數應付賬款的主要方法是： 一、先查證：首先要查證支付確實已經完成，并對支付的費用進行確認； 二、確認單據合法性：通過查詢記錄確認發票及付款單據的合法性，避免出現錯誤結算； 三、核實發票付款金額：通過審核發票上的付款金額，確認付款是否正確，以確認應付款是否有誤； 四、找到原因并調整：對于付款金額有誤的情況，要盡快發現原因并調整相應的應付款，以保證賬務準確。 操作完成后，需要再次確認應付款的金額，以免出現支出不帳，或者在財務結算時出現偏差的情況。 拓展知識：應付賬款管理是財務管理中的一項重要工作，必須做好對應付賬款的審核、報銷、核銷等操作，防止資金的流失和損失造成的經濟損失。