水利建設專項收入的計算方法是：1、計算水利建設專項收入收入額即綜合稅種和其他收入收入總額，減去按現行稅收法律規定可抵扣的支出部分；2、計算應交稅費，即將收入額乘以稅率得到應交稅費；3、根據稅前扣除項目減免稅稅費，減免稅費的金額在稅務局應稅收入證明書上有記載。 拓展知識：稅收減免是指國家在維護和促進重點經濟領域，不少于一定的時間期限，減輕指定的企業的稅收負擔，以達到培育發展實體經濟，促進社會經濟增長的目的。減免稅收包括稅收優惠和稅收減免兩種形式。稅收優惠是指國家在一定時期內，減免或緩繳部分稅收，給予企業在該項目投資過程中所產生的企業所得稅和個人所得稅或其他稅收。稅收減免則是指在一定時期內，放寬對企業投資的法律、行政和財務監管，減免企業的稅收。