投標保證金的做賬方式是： 1、先將投標保證金存入賬戶中，一般存入專用的投標保證金賬戶； 2、然后在借方科目錄入客戶的投標保證金：一般將投標保證金錄入“銀行存款”或者“其他應收款”； 3、在貸方科目錄入客戶的投標保證金：一般將投標保證金錄入“投標保證金”或者“其他應付款”； 4、當客戶獲得中標后，開具投標保證金收據； 5、如果客戶沒有中標，則需要將投標保證金退還給客戶，此時發票會按照客戶所支付的金額開具，并將金額錄入“其他應付款”等； 以上就是投標保證金的做賬方式。在實際的賬務處理中，還需要根據實際的情況判斷，根據不同的業務類型，科目的選擇也是不一樣的。比如，除了以上的貸方科目外，還可以考慮將投標保證金錄入“應交稅費”，將其作為納稅保證金處理。這將會更好地保障企業的財務利益，也能夠讓企業更好地把握財務活動。