是的，有限責任公司（自然人獨資）可以辦理股權變更，但是除了股權變更外，由于現在要把股權變更為股東B占股99%和股東A（法人）占股1%，此時公司的形式也需要申請變更。股權變更的程序大致有：首先，股東需要召開股東大會，決定股權變更，并簽署變更協議，變更后編制相應變更文件等；其次，需要將變更文件報送有關注冊登記機關，經審核通過，發給變更后的公司證書；最后，如果股權變更涉及到財稅方面，還需要向財稅部門申報。 此外，股權變更還可能需要向稅務機關申報，做出應稅處理，并且也要做好相關公司的報稅及注銷手續。原公司的賬務檔案集中處理，將原公司的賬務檔案集中處理，并做出財務回撥處理，是股權變更的重要一環。股權變更前，股東應根據一般的準備工作情況同意變更，并準備必要的資料，以便變更完成后，向稅務機關進行申報備案。