施工單位應通過與甲方簽署合同，由甲方與乙方簽訂代建協議，甲方承擔項目建設，乙方承擔代建任務；施工單位發票開給甲方，甲方可將發票進行報銷，以乙方名義發放工資；賬務方面，甲方可將費用劃分為項目費用和代建費用，項目費用按小時或其他單位來進行計算，代建費用按小時和數量來計算，具體根據實際情況來處理。 此外，存在代建協議的公司應當認真履行安全生產法律法規，不論是甲方還是乙方，都應當將安全生產作為首要任務，充分落實責任制，并制定相應的安全管理規范、安全措施，從而確保施工單位施工安全。