施工單位來撥工程款,付款應由乙公司負責，因為雙方簽訂了代建協議，甲公司把貸款資金撥給乙公司，由乙公司完成城市更新項目，此時工程款付款就是由乙公司付款。發票開給乙公司，乙公司是項目承擔方，發票應該開給乙公司。 前期買地交稅，應該由甲公司負責，買地屬于甲公司權利，交稅也應該由甲公司負責，發票應該開給甲公司。 以上就是甲和乙子公司集團下的一些具體付款細節，希望能幫助到您。此外，在開展城市更新的項目的時候，還要考慮環保和權利人的權益等各種問題，甲乙兩公司也要加強溝通，共同推進所做項目的完成。