按照國家稅收法規定，個體工商戶開專票90萬元，應當繳納增值稅9萬元，印花稅3000元，企業所得稅10萬元，城市維護建設稅1400元，教育費附加稅3000元，地方教育費附加稅1400元，總計繳納稅金為139800元。