批量轉賬和銀行代發的本質區別在于資金的控制權。批量轉賬是指企業或者個人可以直接在金融機構中進行大量賬戶間的轉賬，控制權由發起方擁有，發起方可以直接控制和決定轉賬金額。而銀行代發是指企業或者個人委托銀行代為轉賬，銀行擁有資金的控制權，只有通過銀行的認證才能完成轉賬流程，從而更加安全可靠。