在個人與公司簽訂清運合同的情況下，由另一個人代開發票，款項應該支付給個人。倘若公司有指定銀行賬戶，可以將款項支付給該賬戶；另外，也可以考慮將款項直接支付給個人賬戶，需要被支付個人提供賬戶信息，由雙方友好協商并詳細確認支付細節。 拓展知識：當個人與公司簽定清運合同時，對于清運費用問題，可以通過貨到付款、款到發貨等模式進行費用結算；也可以采用先付款、保函等模式，由兩方協商選擇最合適的方式，以保證合同雙方財務及貨物安全。