您公司與代理公司簽署的付款協議需要按照協議約定的付款方式付款，您公司是否可以將款項直接撥付給代理公司指定的委托公司賬戶，則需要代理公司給您公司出具一份委托代付款協議書，以確保代理公司有足夠的權限在公司賬戶上支付付款，以及您公司的支付是否與協議內容一致。一份完整的委托付款協議書，通常包括以下幾個方面的內容：一、委托方的基本資料，二、收款方的基本資料，三、付款的基本信息，四、付款規則，付款方式以及條件，五、付款擔保，六、賬戶管理，七、終止及解除協議，八、簽署標志及協議文本，九、其他補充內容，等等。另外，在代理公司出具委托付款協議時，您公司也要仔細核實，確保所有內容均反映協議約定的付款方式，以及您公司的合法權益得到維護，以保障自身的合法權益，防止出現經濟糾紛。