可以這么操作，但是需要做如下兩件事情： 1. 總公司可以先向分公司發起一個貨物購買或服務支付的申請，然后由分公司開具發票，通過總公司的支付來實現款項的支付。 2. 總公司應當先向合作方開立一張支付訂單，然后分公司將該筆訂單錄入到總公司，最終由總公司完成支付，并要求分公司開具發票。 以上兩種方法都可以用來操作付款，但是需要經過認真的籌劃，并符合法律法規的規定。 此外，還有一種拓展的知識，即兩家單位之間可以簽訂一份支付款項的押匯合同。這種合同在支付的時候非常有利于總公司，因為總公司可以先向押匯行開立押匯，然后將押匯交給分公司。分公司收到押匯后，只需憑借押匯就可以從行方收取款項，而無需總公司直接支付給分公司。