水利基金是按照不含稅交還的。水利基金是由國家、省、市和縣等行政機關從企業、事業單位、個人和民間團體等各種收入之中扣減而建立的一種固定的財務資金。其中，匯繳水利基金的實體主體，通常是國家行政機關、財政專戶及一般性財政收入頭寸，其中不含稅收入。 在水利基金收入的管理方面，也有一定的規定，其中最主要的是收入的不含稅交還。這是為了使政府更容易掌握收入的總情況，從而了解各方面的財務收入情況，從而達到解決財政收入不均等等問題。不過，隨著時代的發展，這些情況可能會逐步擴大，不含稅收入會有所改變，所以政府還是會隨時調整水利基金的收入情況。 拓展知識：水利基金的運用，一般都是政府根據國家各種政策、水資源開發建設及節約保護等方面的發展需求，對水利基金籌資使用要求進行科學審慎的規劃，分類按用投入到水利建設和水資源保護項目。這樣一來，可以有效確保水利基金收入不斷增加，并能夠更好地服務于實施水資源管理及可持續發展的策略。