如果公司要求農民工工資代發，總包代發，但是沒有收到代發工資協議，那么公司在做賬的時候，應先向總包及農民工確認代發工資的條款，判斷總包及農民工的工資支付的責任，確認代發工資的要求，再根據總包及農民工的要求做相應的賬務處理，及時開具發票及工資條等。 除此之外，公司還要加強對總包及農民工的管理，建立完善的記賬流程，確保記賬準確，同時在代發工資時，要對具體的工資支付流程及支付方式有一個明確的記錄，以便在有糾紛時能有證據及準確的統計記錄。 拓展知識：在做賬務處理時，一定要按照當地會計法規的要求做，確保賬務準確、可追溯，繳納稅款準確無誤。