是的，合伙協議可以寫明有限合伙人在被投資單位B的間接持股情況。一般而言，當A公司投資購買B公司的股份時，A公司將在B公司股權中持有一定比例的份額，以及受該份額影響的收益和股份有效性。此時，A公司成為B公司的間接股東，B公司成為A公司的受投資單位。因此，合伙協議中就可以寫明A公司的有限合伙人在被投資單位B的間接持股情況。 另外，合伙協議還可以規定A公司間接持股比例、以及投資利益分配、參與管理和經營權以及出資比例等情況。此外，合伙協議中還可以寫明投資期間和出售投資期間的動作、金融管理以及其他可能發生的爭議等情況。通過規定上述情況，既可以保護投資人的利益，也可以保護投資期間可能產生的風險。