是的，自然人電子稅務局填員工工資是在扣除五險一金后的工資，然后系統會按照《個人所得稅法》計算扣除個稅的金額。個人所得稅法規定，在個稅的計算中，被扣繳的五險一金可以減免個稅。系統會按照法律規定的標準將工資加入個稅計算中，其中可以減免的險種有養老、失業、醫療保險，另外還有住房公積金和社會保險基金等。如果確定自身企業屬于哪一類，那么系統就可以準確算出企業要繳納的稅金。拓展知識：個人所得稅法主要是規定自然人在中國境內居住、從事工作、從事實質性營業活動或者從事其他任何形式以獲取收入，并且根據這一收入應繳納稅款的，納入全面稅負責任制度，實施綜合征稅的法律。