答：是的，新注冊的公司在電子稅務局進行財務會計制度備案仍然需要做，即便電子稅務局自動有歷史備案信息，公司也要進行備案。因為備案是財務會計制度有效性和合法性的證明，而且更新財務制度也是企業稅務合規性的保障。 國家財稅部門規定企業每年必須完成財務會計制度的驗收報告和變更備案報告，以確保財務會計制度有效并符合相關稅收法規，維護企業稅收合規性。 此外，備案財務會計制度也是為研究和改進企業會計制度服務的，可以使企業能更好地把握會計制度運行的整個過程，以提升企業的內部管理水平。