根據《著作權法》第三十六條的規定，著作權可以轉讓，但是需要經過書面形式的登記手續。因此，A公司可以將軟著轉讓給B公司，但是需要經過書面形式的登記手續。至于A公司是否需要給B公司開票，這取決于A公司和B公司之間的合同約定。至于B公司接收軟著的入賬方式，建議您可以咨詢財務專家，以便得到更準確的答案。