這種情況下，是需要按實際發放的工資填寫自然人所得稅的，但是也不能只按實際工資來確定，因為根據《個人所得稅法》規定，單位應該給員工發放可認定的收入，根據實際情況，除交社保外，還包括補充職工社會保險的投資，單位應該發放職工投資基金，直接扣除職工身份代碼，也要發放集體補貼等一些可認定的收入，所以實際發放的工資要加上這些可認定的收入才能準確地填寫自然人所得稅。除此之外，企業還有可能會根據員工的表現支付獎金，采取激勵措施提高員工的工作積極性，以及給予某些費用補償等，這些也要納入實際發放的總工資計算自然人所得稅。 由此可見，填寫自然人所得稅的時候，按實際發放的工資填寫是不夠的，還要加上可認定的收入，才能精確地填寫自然人所得稅。這也是企業必須遵守《個人所得稅法》規定，給員工發放可認定的收入的理由之一。