我公司是增值稅一般納稅人，主要從事有色金屬的加工、生產制造、銷售（含出口）業務，因財務人員工作失誤，2009年某月，將估價銷售的產品在次月未進行先沖回再調整，結果出現少計收入的問題，在今年國稅稽查部門檢查中發現，由此產生增值稅款100余萬元，目前我公司期末增值稅留抵稅額近2000萬元，請問此項檢查查補稅款能否抵頂現在的留抵？如果可以將查補稅款沖減留抵是否還要加處罰款？另外《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人將增值稅進項留抵稅額抵減查補稅款欠稅問題的批復國稅函[2005]169號》我公司是否適用？稽查部門能否可以依據上述文件精神將這項問題在稽查報告中反映出來？謝謝.