環境保護稅申報流程包括：納稅人在其主管稅務機關報告《環境保護稅基礎信息采集表》后，登錄 互聯網地稅局進行環境保護稅申報。以北京為例 　　一、登錄北京互聯網地稅局（納稅人端）點擊“稅費申報（原納稅申報）。 　　二、納稅人點擊“環保稅申報”。 　　三、未在稅務機關進行信息采集的，必須首先完成信息采集。已完成信息采集的直接進行納稅申報。 　　1.參照國家稅務總局公告2018年第7號填表說明的要求填報，首先填寫信息采集表的主表，點擊“增行”按鈕，雙擊“排污許可證編號”處，以排放口為單位逐個排放口登記。 　　特別強調：一是根據本單位排放污染物類型一次、完整勾選“主要污染物類別”項；二是既有抽樣測算，也有非抽樣測算的，“是否采用抽樣測算方法計算”欄選擇“是”。 　　2.據實逐項填寫排放口詳細信息，點擊“確定”按鈕。 　　3.所有排放口信息登記完成后，點擊“保存”按鈕，出現提示信息“保存成功……”主表保存完成。 　　4.主表保存后，采集附表信息。選擇“主附表樹”對應的附表，點擊“增行”按鈕。 　　5.選擇排放口，點擊“確定”按鈕。 　　6.據實逐項填寫排放口信息，每個排放口的應稅污染物均應進行采集，點擊“保存”按鈕。 　　四、根據納稅人基礎信息中“是否采用抽樣測算法計算”，申報不同樣表。（A表適用于非抽樣測算方法納稅人申報） 　　1.申報表主表信息根據附表填報數據自動生成，首先選擇“主附表樹”的附表填報。 　　特別強調：每張申報表下方均有“填報說明”按鈕，點擊即可查看該表的填報要求。 　　減免稅明細表的“自動監測”的系統自動帶出“月均濃度值”等，需要手工錄入“最高濃度值”；“監測機構監測”的系統自動帶出“最高濃度值”等，需要手工錄入“月均濃度值”。 　　2.點擊“增行”按鈕，選擇“月份”，鼠標點擊“稅源編號”欄。 　　3.選擇本期應稅的污染物，點擊“確定”按鈕。 　　4.附表填寫完成后，返回主表，確認無誤后，點擊“提交申報”按鈕，出現提示信息“保存成功……”。 　　五、根據納稅人基礎信息中“是否采用抽樣測算法計算”，申報不同樣表。（B表適用于抽樣測算方法納稅人申報）。 　　1.點擊“增行”按鈕，選擇“月份”，抽樣測算法僅需手工錄入“特征指標數量”一欄，其他均為選擇或系統自行計算帶出。 　　2.確認無誤后，點擊“提交申報”按鈕，出現提示信息“保存成功”。 　　六、稅款繳納 　　1.在“稅費申報”界面找到點擊“稅款繳納”。 　　2.“√”勾選需要繳款的申報數據，點擊“生成并打印繳款書”按鈕。 　　3.點擊“打印”按鈕，打印《銀行端查詢繳稅憑證》。