那稅退出來來了，這進項發票還能作成本嗎？

都已經退回來了，就不能再做成本了。

就等于是沒有收到過這些發票一樣對嗎？

對，沒錯，就是這個意思，因為這個錢給你退回來。

那掛在那里的應付賬款怎么處理

這個應付賬款沒有影響你該支付支付。

這些發票錢都是付了的，等于應付賬款貸方是負數怎么處理

正常做賬，你這個不會是負數，怎么會有負數呢？

借，應付帳款，貸，銀行存款，發票留抵在還未入帳是吧！退稅了就不能做成本了，那應付賬款這科目只有借方沒有貸方？

發票來了，你就把應付賬款沖銷了呀。