老師，是因為公司好幾個月沒發工資，個別員工才向公司借款的

這樣情況也要年底前處理嗎

你好，那你給他按工資薪金申報了就可以的，相當于給他們發了工資。

員工借的備用金怎么辦

備用金也得還回來，如果沒有支付出去的。