分公司如果是非獨立核算單位就可以代總公司付款，分公司如果是獨立核算單位，就不可以代總公司付款。對客戶總公司開具的增值稅發票,一般要對應：由總公司付款，這是收票單位必須與付款單位一致的要求所規定。 分公司與總公司如果經稅務部門批準可以匯總后統一納稅的，進項稅金可以由總公司抵扣。如果屬于獨立核算并且分別納稅的，兩者屬于不同的納稅主體，則不允許。