打折機票，假如行程單上的票價1000元，實際支付金額900元，那計算抵扣的進項是用1000還是900元？

你好，也是按照1000來算的，按照票面上的。

就是說計入費用的不含稅金額變少了？

你好是的，可以這么理解的。