那這種情況該怎么辦呢？

正常就是 該付租金 付租金? 老板去代開租車發票。

租金那么少，代開發票太麻煩了，他肯定不愿意去，他寧可不要這點租金，還有更好的辦法嗎？

這是最正確的處理方式，您也可以先按0租金這么做，因為各個地區對這種形式處理不太一樣。