概念不同：結余資金是指結算后當年剩余的資金，是在當年預算工作目標已完成，或者因故終止，而造成的當年的剩余資金，一般指收入與支出相抵后的余額，即財政收入大于支出的部分。結轉資金是指當年支出預算已執行但尚未完成，或因故未執行，在當期未使用完、下年需按原用途繼續使用的專項資金或基本支出的結余，也就是指在結算的時間段里，由于工作目標尚未達到而暫時沒有使用完的資金。具體可以分為基本支出結轉和專項資金結轉。 結算結果不同：結轉資金是一個工作目標沒有完成的結算結果；結余資金是支出預算的一個工作目標已完成或者因故終止的結算結果。 下一年度資金使用用途不同：結轉資金是下一年度需要按照原用途繼續使用的資金，結轉資金原則上不得調整用途，將轉入下一年按照原用途的預算繼續使用；結余資金在下一年度可以不按照原用途繼續使用的資金，按預算管理的有關規定，一般可以用于編制下年度的部門預算，統籌使用，或者按照存量資金的有關辦法上繳國庫。 包含的內容不同：結轉資金包括基本支出結轉資金和項目支出結轉資金；結余資金指項目支出結余資金，基本支出是沒有結余資金的。這一點是實務操作中必須注意的。