開了發票是不是就算確認收

不一定的，你可以根據完工進度來確認收入。

我們沒有完工，但每個月卻會開給甲方發票，收到對應工程款，請問可以等完工后，在確認收入結轉成本嗎？

不一定，你可以根據完工進度，也可以根據開發票的時間也可以完工，之后你自己選擇。