那要怎么計算數據？如果都按三個點來計算不是跟一個點發票的稅額不符嗎？

這不是不符，是你這本就是享受了起征點的優惠，但是這申報系統這里沒有關聯 另外稅率的。 總的稅都是不交的。

那做賬的時候按哪個稅額做賬？

你按你正常開票的稅確認處理。這是申報表沒關聯其他稅率導致。

如果是按開票的稅率來做賬跟增值稅申報表不符到時候年報不是很麻煩？

年報是所得稅匯算，和你這個并不影響。