網絡簽署辦理的主要功能是納稅人通過電子稅務局實現三方協議的網上簽署申請。納稅人首先登錄銀行的企業網銀系統，完成銀行端財稅庫銀劃繳稅款協議的簽署，簽約成功后，登錄電子稅務局選擇已經簽約的銀行，確認協議號信息無誤后，提交完成稅務端的簽約申請，后臺自動完成增值稅和城建稅等稅種的三方協議網簽。