主要問題不是賬戶不能正常使用，是我9月開的支票，收入又是10月轉入，那我跨月了，這個賬要怎么入？9月余額是負數，日記賬數與銀行余額相差9萬多，調節表又不可以調9月。

你差額部分是作為向銀行的借款處理。 因為銀行幫你付了這個票據的錢，你要歸還給銀行，明白嗎 不是直接讓銀行成為負數

香港外幣賬戶不可以透支，銀行未先幫我墊付，票據的錢，只是手續費還欠著銀行的，我的意思是我在10月把欠銀行的手續費補上，那我開出的支票，是不是在9月不出，重新開一張10月支票，再把錢存夠開支票的金額，這樣，還有就是9月的余額怎樣調平？

可以按你這樣處理，來平你的銀行賬。