但填報季度所得稅申報表時提示不能小于0

你就按照真實的填寫，稅務局找你麻煩也不要怕。首先我真實的銷售價格就是低于成本價。你有發票就可以這樣申報。

不是這樣的，我是房地產行業，預收賬款有退房款，所以導致預收賬款為負數，匯算清繳預計毛利額能不能為負數

如果這樣的話，不可以，你要把預收賬款放在里面，從新調整成本，這樣毛利計算就不是負數，如果是預收導致的，預計毛利不能為負。