辦公室裝修費是工程部用的，收到結算單沒收到發票，如何掛往來？

這個盡快收到發票做固定資產（如果是自己的廠房、房屋建筑物），或者是計入長期待攤費用——裝修費（租賃的房產）

長期待攤沒設二級怎么辦？

這個沒有設二級科目，只能混在一起，做攤銷明細表進行攤銷處理。

是因為預留了質保金，所以質保金部分的發票是掛入了往來的？

預留了質保金不影響攤銷金額，攤銷按總額計算，因為質保金最后還是需要支付的。