首先穿行測試和內部控制測試的目的是不一樣的，穿行測試是為了了解和評估內部控制，控制測試是為了測試控制執行的有效性，其次穿行測試通常只測試一筆，而內部控制測試取決于注冊會計師的職業判斷，需考慮交易發生的頻率、擬信賴的控制時間長度、預期偏差、其他審計證據、審計證據可靠性和相關性等因素，穿行測試是必須執行的，而控制測試不是必須的。他們的共同點在于，都是測試內部控制，測試的依據都是內部控制范圍，穿行測試可能為控制測試提供審計證據，實務中通常通過穿行測試識別出控制點，在控制測試中針對這些控制點執行控制運行有效性的測試。 穿行測試的結果也可被控制測試所利用，即起到所謂的“雙重測試”的作用。