但為啥報稅系統按5000報不了

當然，9月工資，10月發放并扣稅，11月申報。

我們單位是10月申報

10月不申報不是出現空檔

10月可不申報?跨月再申報

本單位是9月工資10月發，10月就報稅，按5000元扣減，現在怎么辦?

您之前做的錯了。有單位10月發了員工9月的工資，稅款所屬期本應是10月，申報期在11月, 適用扣除扣除稅法修改后的5000元減除費用和新稅率表，但因為誤將稅款所屬期認定為9月，而提早在10月份申報期內就辦理了扣繳申報，適用稅法修改前的3500元減除費用和舊稅率表，如果想在10月申報期內改回正確的申報做法,可以在10月份申報期內，對稅款所屬期9月進行一次零申報(即在扣繳客戶端軟件中選擇自動為每個員工生成零收入的申報記錄) , 并自11月申報期起恢復正常申報(即到了11月份再申報稅款所屬期(工資發放時間)為10月的個人所得稅)。不過用這樣的方法進行調整,員工在未來打印個，人所得稅申報清單時,會有一個月的零申報記錄,不利于體現員工的連續就業情況，可能影響當地購房資格等,還請扣繳單位綜合各項因素,判斷采用上述調整方法的可行性。

有沒有更好的方式?

錯在之前，總須有所承擔，這也是“權衡”吧。