你好，一般不會單純因專利申請日期早于立項日期而否定整個項目的加計扣除。只要企業能完整、準確地提供立項文件、研發過程記錄、費用明細等資料，證明研發活動的合規性和費用的真實性、相關性，通常可正常享受加計扣除政策。