您好，感謝您的提問，很高興能夠為您解答。 同一公司開具3%和9%稅率發票的差異，本質是因其管理的公路項目開工時間不同或計稅方式選擇不同。企業需嚴格區分項目類型，確保政策適用合規性，并在發票中清晰標注差異原因。 根本原因：計稅方式與項目類型不同 試點前/后開工項目的選擇權 3%稅率適用場景： 若通行費對應的公路屬于2016年4月30日前開工的高速公路，根據財稅〔2016〕36號文件，公路經營企業可選擇簡易計稅，按3%征收率開票 9%稅率適用場景： 若公路屬于2016年5月1日后開工的高速公路，或企業選擇一般計稅方式，則需按不動產經營租賃服務適用9%稅率開票 希望我的解答對您有幫助，歡迎在評價里點亮小星星哦，您的反饋能讓我做得更好~ 后續有疑問隨時找我哦！