海關HS編碼和稅務局商品編碼大類不一樣通常會影響退稅，可能導致退稅率適用錯誤，使退稅金額計算有誤。稅務機關審核時發現不一致，會暫不辦理退稅，已辦理的可能追回。還可能引發稅務稽查，若被認定為故意錯報以騙稅，企業要承擔補繳稅款、滯納金、罰款甚至刑事責任等后果。