在兩個公司同時申報工資且5000元減稅費用重復了，通常有以下處理方式： 日常申報調整 如果還處于納稅申報的當期，可以由其中一家公司在申報時進行調整。在自然人電子稅務局扣繳端的“人員信息采集”中，找到該員工信息，將“是否扣除減除費用”欄次選擇“否”，這樣就能避免重復扣除。 年度匯算清繳 - 自行申報：在次年3月1日至6月30日期間，通過個人所得稅App或自然人電子稅務局網頁端進行年度匯算清繳。在匯算清繳申報時，系統會自動將兩處的工資收入合并計算，扣除全年6萬元以及專項扣除、專項附加扣除等后，按照綜合所得稅率表計算應納稅額，多退少補。