招標代理費應該計入管理費用科目中。管理費用科目是用于核算企業日常經營管理活動所發生的費用，包括招標代理費、廣告費、辦公費等。招標代理費是企業為了參與招標活動而支付給招標代理機構的費用，屬于企業經營管理活動的一部分，因此應計入管理費用科目中進行核算。