在稅務查詢企業信息查詢系統中，可以按照以下步驟查詢企業的主要財務指標：
1. 登錄稅務查詢企業信息查詢系統；
2. 在系統首頁上方的導航欄中，選擇“財務報表查詢”；
3. 在彈出的財務報表查詢頁面中，選擇所需查詢的企業，并選擇相應的財務報表期間；
4. 在財務報表查詢結果頁面中，可以查看企業的主要財務指標，如資產總額、負債總額、營業收入、凈利潤等。

需要注意的是，稅務查詢企業信息查詢系統中的財務指標僅供參考，具體的財務數據應以企業自身的財務報表為準。