支付運費應該計入“運輸費用”科目。這是一個“費用”類科目，屬于損益類科目，用于記錄企業在運輸貨物過程中支出的費用。在會計憑證中，應該將支付運費的金額填寫在“運輸費用”科目的借方，同時在相應的貸方填寫支出款項的賬戶。