根據中國稅法規定，個人工資所得稅應按照稅前工資金額和稅法規定的稅率計算。目前中國個人工資所得稅采用的是累進稅率制度，稅率分為7個檔次，具體稅率如下：

- 不超過3,000元的部分，稅率為3%
- 超過3,000元至12,000元的部分，稅率為10%
- 超過12,000元至25,000元的部分，稅率為20%
- 超過25,000元至35,000元的部分，稅率為25%
- 超過35,000元至55,000元的部分，稅率為30%
- 超過55,000元至80,000元的部分，稅率為35%
- 超過80,000元的部分，稅率為45%

根據題目所給的信息，一次性發放的工資為5萬元，我們需要先計算出稅前工資金額。因為個人所得稅是按年度計算的，所以我們需要將5萬元的工資金額乘以12個月，即60萬元。然后，我們需要減去起征點，目前中國的個人所得稅起征點為5,000元，所以我們需要減去5,000元，即稅前工資金額為55,000元。

根據稅率表，我們可以計算出稅前工資金額對應的稅率和應繳稅額。根據計算，稅前工資金額為55,000元時，應繳納個人所得稅為8,375元。

因此，一次性發5萬元工資扣除的個人所得稅為8,375元。