土地增值稅清算允許扣除的稅金包括：
1. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的不動產稅；
2. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的城鎮土地使用稅；
3. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的房產稅；
4. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的印花稅；
5. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的土地使用權出讓金；
6. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的土地出讓金；
7. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的土地收益金；
8. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的土地使用權出讓收益金；
9. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的土地出讓收益金；
10. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的土地征收補償款；
11. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的土地上的建筑物拆除補償款；
12. 土地增值稅應納稅所得額中已扣除的土地上的附屬設施拆除補償款。