在建工程是指企業正在進行的工程項目，還未完工或投入使用，因此應該作為資產類科目進行會計核算。在建工程的二級科目設置應該根據企業的具體情況進行設置，一般可以設置為以下幾個方面：
1. 在建工程-房屋建筑：用于記錄企業正在進行的房屋建筑項目的成本和進度情況。
2. 在建工程-土木工程：用于記錄企業正在進行的土木工程項目的成本和進度情況。
3. 在建工程-裝修工程：用于記錄企業正在進行的裝修工程項目的成本和進度情況。
4. 在建工程-機械設備安裝：用于記錄企業正在進行的機械設備安裝項目的成本和進度情況。
5. 在建工程-其他工程：用于記錄企業正在進行的其他工程項目的成本和進度情況。

在建工程的二級科目設置應該符合企業的實際情況和會計核算需要，同時需要保證科目設置的合理性和科目之間的互相銜接。