根據《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕59號）規定，企業發生由法人向個人獨資企業、合伙企業等非法人組織的轉變，或將登記注冊地轉移至中華人民共和國境外（包括港澳臺地區，下同）而變更注冊登記的情形屬法律形式的改變，應當依法就其涉及的企業所得稅、個人所得稅、增值稅、消費稅、營業稅及土地增值稅等進行清算。
企業法律形式改變的所得稅處理
根據《企業重組業務企業所得稅管理辦法》（國家稅務總局公告2010年第4號）第十條及《財政部、國家稅務總局關于企業清算業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅〔2009〕60號）規定，企業法律形式改變后應當按以下原則和程序進行清算。
一、將全部資產均按公允價值計算可變現價值，減除資產清算前的計稅基礎，確認資產清算所得或損失。
二、確認債權、債務，計算債權、債務清算所得或損失。
三、改變持續經營核算原則，對預提或待攤性質費用進行一次處理。
四、依法彌補以前年度發生的應按規定在以后年度彌補但彌補期未滿的應彌補未彌補虧損，已超過彌補期未彌補完的虧損不得彌補。
五、確定清算所得，計算并繳納所得稅。
例如：A企業是增值稅一般納稅人（法人企業），企業所得稅稅率為25%，2010年8月初經批準改為境內合伙企業。假定8月份未發生收入和成本費用支出，經清算各項資產、負債確認結果為：房屋、機器設備、專有技術、庫存商品、低值易耗品等資產公允價值705萬元，清算前計稅基礎410萬元；確認應提預提費用余額1萬元；一次處理（列支）已發生的待攤費用20萬元；所有債權、債務均已結清；最后確認清算所得為705－410＋1－20＝276（萬元）。則該企業應繳納清算所得稅為276×25%＝69（萬元）。
企業法律形式改變的資產分配和個人所得稅的處理
企業法律形式改變的清算與破產清算不同，法律形式改變后的企業實體還存在，還將進行正常的生產經營，因此，按照財稅〔2009〕59號文件規定清算只涉及企業所得稅和股東財產的重新分配，在股東財產分配上也不能完全依照財稅〔2009〕60號文件規定的方法，按全部可變現資產的公允價值依次減除清算費用、職工工資、社會保險費用和法定補償金、清算所得稅、以前年度欠稅以及債務的模式向所有者分配全部剩余資產。而只能就清算所得支付清算所得稅后的剩余所得進行分配，清算所得大于零時為投資資產轉讓（企業法律形式的改變從法律上應將其視為前、后兩個企業，故可視為資產轉讓）所得，清算所得小于零時應按股東持有股份或投資額分配應承擔的資產轉讓損失份額。同時，根據《企業所得稅法》第二十六條、《企業所得稅法實施條例》第八十三條、國家稅務總局公告2010年第4號、財稅〔2009〕60號文件規定，居民企業間股權投資獲得的股息、紅利免征企業所得稅，但對獲得的資產清算所得，投資者應確認為投資資產轉讓所得繳納企業所得稅；根據《個人所得稅法》及其實施條例要求，對居民個人股東分得的投資資產清算所得還應按照規定代扣代繳個人所得稅。
例如：假定上述A企業改變企業法律性質前為有限責任公司，有甲、乙、丙3個股東，其中甲、乙為居民個人股東，丙為企業法人股東，投資額分別為19萬元、30萬元、51萬元，截至2010年7月31日累計未分配利潤124萬元，則3個股東各自應分得的清算所得如下。分配比例=（276－69＋124）÷（19＋30＋51）×100%＝331%。甲股東應分得的清算所得為19×331%＝62.89（萬元）；乙股東應分得的清算所得為30×331%＝99.3（萬元）；丙股東應分得的清算所得為51×331%＝168.81（萬元）。其各自應分得的累計未分配利潤為：甲股東：124÷（19＋30＋51）×19＝23.56（萬元）；乙股東：124÷（19＋30＋51）×30＝37.2萬元；丙股東：124÷（19＋30＋51）×51＝63.24（萬元）。即各股東在改變法律形式時合計應分得的股息為：甲股東：62.89＋23.56＝86.45（萬元）；乙股東：99.3＋37.2＝136.5（萬元）；丙股東：168.81＋63.24＝232.05（萬元）。
企業法律形式的改變雖然沒有在市場上發生實質性的資產轉讓，但改變后已經注冊為一個新企業，在法律界定上相當于把一個企業的資產變賣給了另一個企業，因此，根據《個人所得稅法》第二條、并參照《國家稅務總局關于股權轉讓收入征收個人所得稅問題的批復》（國稅函〔2007〕244號）、《財政部、國家稅務總局關于個人股票期權所得征收個人所得稅問題的通知》（財稅〔2005〕35號）等有關規定，對于甲、乙兩居民個人股東獲得的投資清算所得應分別按資產轉讓所得和股息、紅利所得代扣個人所得稅。其中，對甲股東應代扣的資產轉讓所得個人所得稅是62.89×20%＝12.578（萬元）；對乙股東應代扣的資產轉讓所得個人所得稅為99.3×20%＝19.86（萬元）；對丙企業法人投資者股東分得的168.81萬元清算所得減除63.24萬元免稅的股息所得后應視為投資所得（收益）并入當期所得額征收企業所得稅。如果法人股投資人為非居民企業，則應依照《企業所得稅法》及相關規定對其獲得的全部清算所得代扣代繳非居民企業所得稅。
法律形式改變后新企業股東投資的入賬價格確定
企業法律形式改變時投資者雖然沒有真正收回投資收益，但通過被投資企業的清算，投資者已經獲得了投資收益的所有權，通過重新投入改變后的新企業，投資者的控股數額或投資額已經發生變化，并重新取得控股權，但因投資者的身份不同，控股數額變化幅度也不盡相同。假設上述A企業清算后各位股東又與其他企業和個人投資興辦了一家新企業，即原A企業的各位股東將全部資產均投入到了新企業。則原A企業各位股東對新企業的可控投資額變化如下：甲股東的新股投資額為19＋62.89－15.2＝66.69（萬元）；乙股東的新股投資額為30＋99.3－24＝105.3（萬元）；丙企業股東的新股投資額為51＋168.81＝219.81（萬元）。
作為企業股的丙股東對收回超過原投資額的部分（本例為219.81－51＝168.81萬元）應同時增加該項長期投資的計稅基礎，即在會計上作增加“長期股權投資”和“投資收益”處理。
企業將登記注冊地轉移至境外時可能出現的涉稅問題
企業在將登記注冊地轉移至境外時，因不動產不能移動，可能涉及就地變賣或出售問題，所生產和購買的貨物既可以轉移境外，也可能存在就地出售的問題，但無論是就地變賣、出售還是轉移境外，均應按以下原則處理。
一、出售不動產房屋需要按規定繳納營業稅和土地增值稅。
二、對于轉移境外的貨物應按出口對待，應按規定辦理出口退稅；對于就地出售的貨物還應按規定繳納增值稅，屬于應征消費稅的自產貨物，還應依法繳納消費稅。
三、在清算前出售時，應將出售所得和繳納的稅金記入清算所得，在清算后出售時，記入新企業的當期損益。
除以上情形外，企業發生其他法律形式簡單改變的，可直接變更稅務登記，除另有規定外，有關企業所得稅納稅事項（包括虧損結轉、稅收優惠等權益和義務）由變更后企業承繼，但因住所發生變化而不符合稅收優惠條件的也必須按照上述方法進行清算。