國家稅務總局《關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函[2009]617號）規定，增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。未在規定期限內到稅務機關辦理認證、申報抵扣或者申請稽核比對的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進項稅額抵扣。國稅函[2009]617號文件還規定，增值稅一般納稅人丟失已開具的增值稅專用發票，應在第一條規定的期限內，按照國家稅務總局《關于修訂〈增值稅專用發票使用規定〉的通知》（國稅發[2006]156號）第二十八條及相關規定辦理。

　　國稅發[2006]156號文件第二十八條規定，一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯和抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。如果丟失前未認證的，購買方憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，認證相符的憑該專用發票記賬聯復印件及銷售方所在地主管稅務機關出具的《丟失增值稅專用發票已報稅證明單》，經購買方主管稅務機關審核同意后，可作為增值稅進項稅額的抵扣憑證。一般納稅人丟失已開具專用發票的抵扣聯，如果丟失前已認證相符的，可使用專用發票發票聯復印件留存備查。如果丟失前未認證的，可使用專用發票發票聯到主管稅務機關認證，專用發票發票聯復印件留存備查。一般納稅人丟失已開具專用發票的發票聯，可將專用發票抵扣聯作為記賬憑證，專用發票抵扣聯復印件留存備查。

　　如果增值稅專用發票的開具已經超過180天，購買方可以憑銷售方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關進行認證，但不能抵扣進項稅額。如果銷售方先開具發票，則根據《增值稅暫行條例》第十九條的規定，增值稅納稅義務發生時間為開具發票的當天，銷售方應依法申報繳納相應的增值稅。企業之間的經濟糾紛超出稅務部門的管理權限，可依法向人民法院提起訴訟。